Hướng dẫn giải trình rủi ro hóa đơn điện tử trong vòng 3 ngày

Một doanh nghiệp có thể xuất hóa đơn đều đặn nhưng vẫn nhận được thông báo yêu cầu giải trình rủi ro hoá đơn điện tử. Kế toán mở phụ lục và thấy nhiều số hóa đơn cần đối chiếu. Hợp đồng nằm ở bộ phận kinh doanh, chứng từ giao hàng nằm ở kho, còn dữ liệu thanh toán nằm tại ngân hàng. Trong lúc doanh nghiệp tìm hồ sơ, thời hạn giải trình vẫn đang trôi qua. Bài viết này Việt long hướng dẫn chi tiết các bước giải trình về HĐĐT. 

Các rủi ro hóa đơn điện tử doanh nghiệp nên rà soát

Doanh nghiệp không nên coi mọi cảnh báo rủi ro là kết luận đã vi phạm. Thông báo giải trình cho biết cơ quan thuế cần làm rõ thông tin về việc sử dụng hóa đơn. Doanh nghiệp cần đọc đúng nội dung được hỏi trước khi tự xác định nguyên nhân.

Hóa đơn thiếu hồ sơ chứng minh giao dịch

Một hóa đơn bán hàng thường liên quan đến nhiều tài liệu khác. Hợp đồng cho biết các bên đã thỏa thuận điều gì. Chứng từ giao nhận cho biết hàng hóa hoặc dịch vụ đã được bàn giao ra sao. Dữ liệu thanh toán và sổ kế toán giúp doanh nghiệp đối chiếu giá trị giao dịch.

Rủi ro xuất hiện khi người phụ trách không tìm được tài liệu tương ứng với hóa đơn trong phụ lục. Doanh nghiệp nên rà từng số hóa đơn theo giao dịch thực tế, thay vì gửi một tập chứng từ chung và để cơ quan thuế tự tìm.

Dữ liệu hóa đơn không khớp với hồ sơ nội bộ

Ngày lập hóa đơn, tên hàng hóa, số lượng, giá trị hoặc thông tin bên mua có thể không thống nhất với chứng từ liên quan. Sự khác biệt cần được kiểm tra trước khi doanh nghiệp viết bản giải trình. Doanh nghiệp không nên khẳng định dữ liệu đã khớp nếu sổ sách và chứng từ đang thể hiện khác nhau.

Có trường hợp doanh nghiệp cần giải thích cách ghi nhận giao dịch. Có trường hợp doanh nghiệp phải xử lý sai sót hóa đơn theo thủ tục tương ứng. Người phụ trách cần xác định đúng bản chất vấn đề trước khi lựa chọn hướng trả lời.

Doanh nghiệp bỏ sót thông báo hoặc gửi hồ sơ chưa thành công

Rủi ro không chỉ nằm ở hóa đơn. Doanh nghiệp còn có thể tìm thấy thông báo quá muộn, đính nhầm tệp hoặc dừng thao tác trước bước ký số. Người phụ trách đôi khi bấm gửi rồi thoát màn hình mà chưa kiểm tra trạng thái.

Theo khoản 2 Điều 8 Thông tư 91/2026/TT-BTC, thời hạn giải trình, bổ sung thông tin đối với trường hợp được quy định tại điều khoản này là 03 ngày làm việc kể từ ngày cơ quan thuế gửi thông báo điện tử. Tài liệu hình ảnh của Thuế cơ sở 4 tỉnh Gia Lai nhắc người nộp thuế kiểm tra ngày nhận thông báo. Để tránh tính sai hạn, doanh nghiệp cần xem cả thời điểm gửi trên hệ thống và thời hạn ghi trong thông báo cụ thể.

Hướng dẫn giải trình rủi ro hóa đơn điện tử chi tiết trong 3 ngày

Thuế cơ sở 4 tỉnh Gia Lai đã cung cấp tài liệu hình ảnh về cách tra cứu và gửi hồ sơ trên Cổng tiếp nhận thủ tục hành chính của Cục Thuế. Trình tự dưới đây bám theo tài liệu đó. Doanh nghiệp cần kiểm tra tên nút trên giao diện thực tế vì hệ thống có thể thay đổi theo phiên bản.

Bước 1 đến bước 4: Đăng nhập và tìm đúng thông báo

Bước 1, người nộp thuế truy cập Cổng tiếp nhận thủ tục hành chính của Cục Thuế. Người nộp thuế chọn mục đăng nhập Thuế điện tử và chọn đúng đối tượng đăng nhập.

Bước 2, người nộp thuế nhập thông tin tài khoản theo phương thức hệ thống hỗ trợ. Sau khi đăng nhập, người phụ trách kiểm tra tên tài khoản ở góc màn hình. Việc kiểm tra này giúp doanh nghiệp tránh tra cứu nhầm tài khoản.

Bước 3, người nộp thuế mở mục tra cứu thông báo của cơ quan thuế. Theo tài liệu hướng dẫn, người nộp thuế cũng có thể vào màn hình này qua biểu tượng chuông thông báo.

Bước 4, người nộp thuế chọn loại “Thông báo giải trình đối với NNT có rủi ro cao về hóa đơn điện tử”. Người nộp thuế có thể tìm bằng mã hồ sơ, số thông báo hoặc khoảng ngày. Nếu hệ thống không trả kết quả, người phụ trách nên kiểm tra lại loại thông báo và thử tìm mà không giới hạn ngày.

Bước 5 đến bước 7: Đọc phụ lục và chuẩn bị chứng cứ

Bước 5, doanh nghiệp bấm “Tải thông báo” tại đúng dòng hồ sơ. Tài liệu hướng dẫn cho biết tệp thông báo có định dạng XML. Người phụ trách có thể dùng iTax Viewer để đọc tệp này.

Bước 6, doanh nghiệp đọc toàn bộ thông báo và phụ lục. Người phụ trách cần xác định lý do yêu cầu giải trình, thời hạn, thông tin liên hệ của cơ quan thuế và từng hóa đơn được nêu. Phụ lục là căn cứ để doanh nghiệp biết mình phải trả lời vấn đề nào.

Bước 7, doanh nghiệp đối chiếu từng nội dung với hồ sơ giao dịch. Người phụ trách chuẩn bị bản giải trình, hóa đơn và chứng từ chứng minh phù hợp. Nếu phụ lục có nhiều hóa đơn, doanh nghiệp nên sắp xếp tài liệu theo từng nhóm giao dịch để người xem dễ kiểm tra.

Ô nhập nội dung trên hệ thống được tài liệu hướng dẫn ghi nhận giới hạn 255 ký tự. Doanh nghiệp nên viết một câu tóm tắt tại ô này và trình bày nội dung dài trong tệp đính kèm. Theo hình hướng dẫn, mỗi tệp được tải lên có giới hạn dung lượng 10 MB.

Bước 8 đến bước 10: Đính kèm, ký số và kiểm tra trạng thái

Bước 8, doanh nghiệp chọn “Giải trình bổ sung” tại đúng hồ sơ còn đường dẫn thao tác. Người phụ trách nhập nội dung ngắn, chọn tệp và dùng chức năng thêm dòng nếu cần gửi nhiều tài liệu. Người phụ trách cần mở lại tệp để kiểm tra nội dung trước khi bấm tiếp tục.

Bước 9, doanh nghiệp ký số bằng phương thức đang sử dụng. Tài liệu hướng dẫn thể hiện hai lựa chọn là chữ ký số từ xa HSM và USB Token. Người phụ trách cần kiểm tra hiệu lực chứng thư số và hoàn tất bước xác thực ký.

Bước 10, doanh nghiệp quay lại màn hình tra cứu thông báo sau khi ký gửi. Theo tài liệu của Thuế cơ sở 4 tỉnh Gia Lai, trạng thái cần chuyển thành “Đã giải trình, bổ sung”. Nếu trạng thái chưa đổi, doanh nghiệp chưa nên coi việc gửi hồ sơ đã hoàn tất.

Trạng thái “Đã giải trình, bổ sung” xác nhận bước gửi trên hệ thống. Trạng thái này không có nghĩa là cơ quan thuế đã chấp nhận toàn bộ nội dung giải trình. Doanh nghiệp vẫn cần theo dõi phản hồi tiếp theo.

Nếu hồ sơ đã quá hạn và nút giải trình không còn hiển thị, doanh nghiệp nên liên hệ cơ quan thuế quản lý theo thông tin ghi trên thông báo. Nếu hệ thống báo lỗi tệp hoặc chữ ký số, người phụ trách cần kiểm tra định dạng, dung lượng, chứng thư số và công cụ ký trước khi thao tác lại.

Mức phạt về hóa đơn điện tử: Cần phân biệt đúng hành vi

Thông báo rủi ro hóa đơn điện tử không tự tạo ra một mức phạt cố định. Cơ quan có thẩm quyền phải xem xét hành vi thực tế và quy định xử phạt tương ứng. Một doanh nghiệp có giao dịch thật nhưng thiếu tài liệu giải trình sẽ ở tình huống khác doanh nghiệp không lập hóa đơn hoặc lập hóa đơn sai thời điểm.

Không lập hóa đơn khi bán hàng hóa, cung cấp dịch vụ

Theo khoản 2 Điều 24 Nghị định 125/2020/NĐ-CP được sửa đổi bởi Nghị định 310/2025/NĐ-CP, mức phạt đối với hành vi không lập hóa đơn khi bán hàng hóa, cung cấp dịch vụ theo quy định phụ thuộc vào số hóa đơn không lập.

Trường hợp không lập 01 số hóa đơn, mức phạt là 1–2 triệu đồng. Trường hợp không lập từ 02 đến dưới 10 số, mức phạt là 2–10 triệu đồng. Trường hợp không lập từ 10 đến dưới 20 số, mức phạt là 10–30 triệu đồng. Trường hợp không lập từ 20 đến dưới 50 số, mức phạt là 30–50 triệu đồng. Trường hợp không lập từ 50 số trở lên, mức phạt là 60–80 triệu đồng. Đây là nhóm hành vi bán hàng hóa, cung cấp dịch vụ; các trường hợp như hàng khuyến mại hoặc biếu tặng có cách phân nhóm riêng. 

Lập hóa đơn không đúng thời điểm

Nghị định 310/2025/NĐ-CP cũng quy định mức phạt theo số hóa đơn đối với hành vi lập hóa đơn không đúng thời điểm khi bán hàng hóa, cung cấp dịch vụ.

Trường hợp vi phạm đối với 01 số hóa đơn, mức phạt là 500.000 đồng đến 1,5 triệu đồng. Trường hợp từ 02 đến dưới 10 số, mức phạt là 2–5 triệu đồng. Trường hợp từ 10 đến dưới 20 số, mức phạt là 5–15 triệu đồng. Trường hợp từ 20 đến dưới 50 số, mức phạt là 15–30 triệu đồng. Trường hợp từ 50 đến dưới 100 số, mức phạt là 30–50 triệu đồng. Trường hợp từ 100 số trở lên, mức phạt là 50–70 triệu đồng.

Các mức nêu trên giúp doanh nghiệp hình dung hậu quả của hai hành vi cụ thể. Doanh nghiệp không nên lấy các mức này để suy ra tiền phạt của mọi thông báo rủi ro. Nghị định 291/2026/NĐ-CP có sửa đổi quy định xử phạt về thuế, hóa đơn, nhưng Điều 19a được bổ sung về vi phạm cung cấp thông tin phục vụ mục đích trao đổi thông tin. Doanh nghiệp không nên gắn mức phạt 10–100 triệu đồng của điều khoản đó cho mọi trường hợp chậm giải trình hóa đơn điện tử.

Việt Long hỗ trợ doanh nghiệp rà soát thông báo, đối chiếu hóa đơn với hồ sơ giao dịch và sắp xếp tài liệu giải trình. Nếu doanh nghiệp đang trong thời hạn 03 ngày làm việc, hãy kiểm tra thời điểm gửi thông báo trên hệ thống trước khi chuẩn bị hồ sơ.

Xem chi tiết về Xử phạt về thuế hoá đơn và Dịch vụ kế toán thuế