Doanh nghiệp đang có số thuế giá trị gia tăng đầu vào chưa được khấu trừ lớn thường kỳ vọng khoản thuế này sẽ sớm được hoàn lại. Khoản tiền hoàn thuế có thể giúp doanh nghiệp bổ sung vốn lưu động, thanh toán cho nhà cung cấp và tiếp tục hoạt động sản xuất.
Tuy nhiên, số thuế còn được khấu trừ trên tờ khai không đồng nghĩa với số tiền chắc chắn được hoàn. Cơ quan thuế còn kiểm tra đối tượng hoàn thuế, điều kiện của từng giao dịch, hóa đơn điện tử, chứng từ thanh toán, hợp đồng, hồ sơ xuất khẩu và dữ liệu của nhà cung cấp.
Nhiều doanh nghiệp chỉ bắt đầu rà soát khi đã nộp hồ sơ và nhận được yêu cầu giải trình. Lúc này, doanh nghiệp có thể phát hiện hóa đơn không đáp ứng điều kiện, số liệu kế toán không khớp tờ khai hoặc hồ sơ thanh toán thiếu căn cứ. Hồ sơ vì thế bị kéo dài và dòng tiền tiếp tục bị treo.
Dịch vụ hoàn thuế giá trị gia tăng giúp doanh nghiệp kiểm tra khả năng hoàn thuế trước khi nộp hồ sơ. Việc rà soát sớm giúp doanh nghiệp xác định số thuế có cơ sở đề nghị hoàn, nhận diện giao dịch có rủi ro và chuẩn bị tài liệu giải trình phù hợp.
Quy định hoàn thuế giá trị gia tăng
Chính sách hoàn thuế GTGT hiện nay được thực hiện theo Luật Thuế giá trị gia tăng số 48/2024/QH15, các nội dung được sửa đổi, bổ sung tại Luật số 90/2025/QH15 và văn bản hướng dẫn thi hành.
Luật Thuế GTGT số 48/2024/QH15 có hiệu lực từ ngày 01/07/2025. Chính phủ đã ban hành Nghị định số 181/2025/NĐ-CP để quy định chi tiết. Sau đó, Nghị định số 359/2025/NĐ-CP tiếp tục sửa đổi, bổ sung một số nội dung của Nghị định 181. Doanh nghiệp lập hồ sơ trong năm 2026 cần đối chiếu đồng thời các văn bản này, thay vì chỉ áp dụng hướng dẫn cũ. Nguồn: Nghị định 359/2025/NĐ-CP của Chính phủ.
Một thay đổi doanh nghiệp cần đặc biệt lưu ý liên quan đến điều kiện thanh toán không dùng tiền mặt. Theo quy định mới về khấu trừ thuế GTGT đầu vào, hàng hóa và dịch vụ mua vào từ 5 triệu đồng trở lên, đã bao gồm thuế GTGT, phải có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt, trừ những trường hợp được pháp luật quy định khác.
Ngưỡng 5 triệu đồng khiến nhiều giao dịch nhỏ trước đây ít được chú ý nay trở thành điểm cần kiểm tra. Nếu doanh nghiệp thanh toán bằng tiền mặt hoặc không chứng minh được dòng tiền, số thuế đầu vào của giao dịch có thể không đáp ứng điều kiện khấu trừ. Khi số thuế đó đã được đưa vào hồ sơ đề nghị hoàn, doanh nghiệp có thể phải điều chỉnh lại số tiền đề nghị.
Quy định mới cũng yêu cầu doanh nghiệp kiểm tra bản chất của từng hình thức thanh toán. Doanh nghiệp không nên chỉ nhìn vào sao kê ngân hàng. Doanh nghiệp còn phải đối chiếu người chuyển tiền, người nhận tiền, nội dung thanh toán, hợp đồng và hóa đơn liên quan.

Vì sao hồ sơ hoàn thuế thường bị kéo dài?
Hồ sơ hoàn thuế không chỉ là một bộ biểu mẫu hành chính. Hồ sơ này thể hiện toàn bộ chuỗi giao dịch từ lúc doanh nghiệp mua hàng, thanh toán, hạch toán, kê khai đến khi bán hàng hoặc xuất khẩu.
Chỉ một mắt xích không rõ ràng cũng có thể khiến doanh nghiệp phải giải trình thêm. Doanh nghiệp vì vậy cần nhận diện đúng nguyên nhân trước khi chuẩn bị hồ sơ.
Số thuế trên tờ khai không khớp với sổ kế toán
Tờ khai thuế có thể thể hiện số thuế GTGT đầu vào chưa được khấu trừ lớn. Tuy nhiên, sổ kế toán lại có thể phản ánh một số tiền khác.
Sự chênh lệch thường xuất hiện khi doanh nghiệp kê khai bổ sung nhiều lần, bỏ sót hóa đơn, hạch toán trùng hoặc ghi nhận sai kỳ. Một số doanh nghiệp còn chuyển đổi phần mềm kế toán nhưng không kiểm tra lại dữ liệu đầu kỳ.
Cơ quan thuế có thể yêu cầu doanh nghiệp giải thích từng khoản chênh lệch. Nếu doanh nghiệp không chuẩn bị bảng đối chiếu rõ ràng, thời gian xử lý hồ sơ sẽ kéo dài.
Hóa đơn hợp pháp nhưng giao dịch chưa đủ căn cứ
Một hóa đơn tồn tại trên hệ thống hóa đơn điện tử chưa tự động chứng minh rằng giao dịch đã đáp ứng đầy đủ điều kiện hoàn thuế.
Doanh nghiệp còn phải chứng minh hàng hóa hoặc dịch vụ đã phát sinh thực tế. Hồ sơ thường cần thể hiện được hợp đồng, báo giá, biên bản giao nhận, phiếu nhập kho, chứng từ vận chuyển, chứng từ thanh toán và mục đích sử dụng.
Rủi ro tăng lên khi nhà cung cấp ngừng hoạt động, không hoạt động tại địa chỉ đăng ký hoặc bị cơ quan thuế cảnh báo. Doanh nghiệp mua hàng có thể phải chứng minh rằng giao dịch có thật và doanh nghiệp đã thực hiện nghĩa vụ kiểm tra phù hợp tại thời điểm giao dịch.
Chứng từ thanh toán không thể hiện đúng giao dịch
Nhiều doanh nghiệp đã thanh toán qua ngân hàng nhưng nội dung chuyển tiền quá chung chung. Một số khoản tiền do cá nhân chuyển thay cho doanh nghiệp. Một số khoản thanh toán được cấn trừ công nợ nhưng hồ sơ không có biên bản đối chiếu.
Những tình huống này không phải lúc nào cũng dẫn đến việc hồ sơ bị loại. Tuy nhiên, doanh nghiệp phải có căn cứ để chứng minh hình thức thanh toán thuộc trường hợp được chấp nhận.
Doanh nghiệp cần đối chiếu chứng từ thanh toán với hợp đồng và hóa đơn. Doanh nghiệp cũng cần giải thích rõ các khoản thanh toán gộp, thanh toán từng phần hoặc thanh toán thông qua bên thứ ba.
Hồ sơ xuất khẩu không tạo thành một chuỗi thống nhất
Doanh nghiệp xuất khẩu thường có số thuế đầu vào lớn. Đây cũng là nhóm hồ sơ thường được kiểm tra kỹ.
Doanh nghiệp cần bảo đảm hợp đồng ngoại thương, tờ khai hải quan, hóa đơn, chứng từ thanh toán, vận đơn và tài liệu giao nhận thể hiện cùng một giao dịch. Thông tin về tên hàng, số lượng, đơn giá, điều kiện giao hàng và đối tác cần có sự thống nhất.
Nếu một chứng từ sử dụng cách mô tả hàng hóa khác với các chứng từ còn lại, doanh nghiệp nên chuẩn bị bảng giải trình. Doanh nghiệp không nên chờ cơ quan thuế yêu cầu mới bắt đầu tìm lại hồ sơ.

Dịch vụ hoàn thuế giá trị gia tăng của Việt Long hỗ trợ những gì?
Việt Long không bắt đầu bằng việc nộp ngay hồ sơ hoàn thuế. Việt Long bắt đầu bằng việc kiểm tra doanh nghiệp có thuộc trường hợp được hoàn và số thuế nào có đủ căn cứ đề nghị hoàn.
Cách tiếp cận này giúp doanh nghiệp hạn chế tình trạng nộp hồ sơ trước rồi mới phát hiện sai sót.
Rà soát điều kiện hoàn thuế trước khi nhận hồ sơ
Việt Long kiểm tra loại hình hoạt động, kỳ đề nghị hoàn, số thuế chưa được khấu trừ và căn cứ hình thành số thuế.
Đội ngũ phụ trách sẽ phân loại hồ sơ có thể tiếp tục, hồ sơ cần bổ sung và hóa đơn có dấu hiệu rủi ro. Doanh nghiệp nhờ đó có cơ sở để quyết định thời điểm nộp hồ sơ.
Đối chiếu dữ liệu kế toán, thuế và hóa đơn
Việt Long đối chiếu tờ khai thuế với sổ kế toán và dữ liệu hóa đơn điện tử. Việc đối chiếu giúp phát hiện hóa đơn bị kê khai trùng, sai kỳ hoặc thiếu chứng từ thanh toán.
Việt Long cũng kiểm tra số dư thuế chuyển kỳ và các tờ khai bổ sung. Bước này giúp doanh nghiệp xác định lại số tiền có cơ sở đề nghị hoàn.
Rà soát hồ sơ giao dịch và dòng tiền
Việt Long kiểm tra hợp đồng, giao nhận, nhập kho, vận chuyển và thanh toán. Đội ngũ phụ trách sẽ đánh giá khả năng chứng minh giao dịch khi cơ quan thuế yêu cầu giải trình.
Những khoản thanh toán có nhiều bên tham gia hoặc có nội dung chưa rõ sẽ được tách riêng để doanh nghiệp bổ sung căn cứ.
Chuẩn bị hồ sơ và hỗ trợ giải trình
Việt Long hỗ trợ doanh nghiệp lập hồ sơ đề nghị hoàn thuế theo phạm vi đã thống nhất. Việt Long cũng hỗ trợ chuẩn bị bảng giải trình, bảng đối chiếu và tài liệu bổ sung.
Trường hợp cơ quan thuế kiểm tra hồ sơ, Việt Long phối hợp với doanh nghiệp để giải thích số liệu và cung cấp chứng từ theo yêu cầu. Việc giải trình luôn dựa trên hồ sơ thực tế của doanh nghiệp.
Hỗ trợ rà soát hồ sơ hoàn thuế theo tình trạng thực tế
Mỗi hồ sơ hoàn thuế có một mức độ rủi ro khác nhau. Doanh nghiệp xuất khẩu sẽ có nhóm chứng từ khác với doanh nghiệp có dự án đầu tư. Doanh nghiệp có sổ sách đầy đủ cũng cần cách xử lý khác với doanh nghiệp đang thiếu dữ liệu.
Việt Long tiếp nhận hồ sơ và kiểm tra trước khi đề xuất hướng thực hiện. Doanh nghiệp được thông báo rõ điều kiện, phần hồ sơ cần bổ sung, phạm vi dịch vụ và rủi ro có thể phát sinh.
Nếu doanh nghiệp đang có số thuế GTGT đầu vào chưa được khấu trừ lớn, doanh nghiệp nên rà soát trước khi lập hồ sơ. Việc kiểm tra sớm sẽ giúp doanh nghiệp bảo vệ quyền lợi, giảm áp lực giải trình và chủ động hơn về dòng tiền.
Quy trình thực hiện dịch vụ hoàn thuế GTGT tại Việt Long
Quy trình hoàn thuế hiệu quả phải bắt đầu trước thời điểm nộp hồ sơ. Doanh nghiệp cần dành đủ thời gian để kiểm tra dữ liệu và khắc phục sai sót.
Bước 1: Tiếp nhận thông tin và xác định trường hợp hoàn
Việt Long tiếp nhận tờ khai, số thuế dự kiến đề nghị hoàn và thông tin hoạt động của doanh nghiệp.
Đội ngũ phụ trách xác định doanh nghiệp thuộc trường hợp xuất khẩu, dự án đầu tư, hoạt động chịu thuế suất 5% hoặc trường hợp hoàn thuế khác.
Bước 2: Đánh giá sơ bộ số thuế và rủi ro
Việt Long đối chiếu số thuế trên tờ khai với sổ kế toán. Đội ngũ phụ trách kiểm tra hóa đơn, chứng từ thanh toán và tình trạng nhà cung cấp.
Kết quả rà soát giúp doanh nghiệp nhìn thấy phần hồ sơ có thể sử dụng và phần cần bổ sung.
Bước 3: Hoàn thiện hồ sơ kế toán và chứng từ
Doanh nghiệp bổ sung tài liệu còn thiếu theo danh sách đã thống nhất. Việt Long hỗ trợ lập bảng đối chiếu và xử lý sai lệch thuộc phạm vi công việc.
Bước này cần hoàn thành trước khi xác định số tiền đề nghị hoàn cuối cùng.
Bước 4: Lập và nộp hồ sơ hoàn thuế
Việt Long hỗ trợ lập hồ sơ theo mẫu và kiểm tra tính thống nhất của thông tin. Hồ sơ được nộp sau khi doanh nghiệp xác nhận số liệu.
Doanh nghiệp cần lưu một bộ hồ sơ hoàn chỉnh để phục vụ quá trình kiểm tra hoặc giải trình.
Bước 5: Theo dõi và hỗ trợ giải trình
Việt Long theo dõi tình trạng tiếp nhận và yêu cầu bổ sung của cơ quan thuế. Đội ngũ phụ trách phối hợp chuẩn bị tài liệu giải trình khi phát sinh yêu cầu.
Kết quả hoàn thuế phụ thuộc vào hồ sơ, tình trạng thực tế và kết quả kiểm tra của cơ quan có thẩm quyền. Việt Long không cam kết kết quả khi chưa rà soát đầy đủ dữ liệu.

Chi phí dịch vụ hoàn thuế giá trị gia tăng được xác định thế nào?
Chi phí dịch vụ không nên được xác định chỉ dựa trên số tiền đề nghị hoàn. Hai doanh nghiệp có cùng số thuế nhưng mức độ phức tạp của hồ sơ có thể hoàn toàn khác nhau.
Chi phí thường phụ thuộc vào số kỳ kê khai, số lượng hóa đơn, loại hình hoàn thuế, tình trạng sổ kế toán và khối lượng hồ sơ phải khôi phục. Hồ sơ có giao dịch xuất khẩu, nhiều nhà cung cấp hoặc nhiều lần kê khai bổ sung thường cần thời gian rà soát nhiều hơn.
Việt Long kiểm tra tình trạng hồ sơ trước khi báo phạm vi công việc. Cách làm này giúp doanh nghiệp biết rõ nội dung được hỗ trợ và những khoản công việc có thể phát sinh.
Câu hỏi thường gặp về dịch vụ hoàn thuế GTGT
Phần câu hỏi thường gặp giúp doanh nghiệp làm rõ các tình huống thực tế trước khi quyết định lập hồ sơ.
Có số thuế GTGT đầu vào trên 300 triệu đồng thì chắc chắn được hoàn không?
Doanh nghiệp không chắc chắn được hoàn chỉ vì số thuế vượt 300 triệu đồng. Doanh nghiệp còn phải thuộc trường hợp được hoàn và đáp ứng các điều kiện về hóa đơn, thanh toán, kê khai và chứng từ.
Hóa đơn từ 5 triệu đồng thanh toán bằng tiền mặt có được đưa vào hồ sơ không?
Doanh nghiệp phải đối chiếu điều kiện thanh toán không dùng tiền mặt theo quy định hiện hành. Hóa đơn không đáp ứng điều kiện khấu trừ có thể không đủ căn cứ đưa vào số thuế đề nghị hoàn.
Nhà cung cấp ngừng hoạt động thì doanh nghiệp có mất quyền hoàn thuế không?
Tình trạng của nhà cung cấp là một dấu hiệu cần kiểm tra nhưng không nên kết luận tự động. Doanh nghiệp mua hàng phải chứng minh giao dịch có thật, hàng hóa đã được giao, tiền đã được thanh toán và hồ sơ đã được lập đúng quy định.
Doanh nghiệp có thể tự làm hồ sơ hoàn thuế không?
Doanh nghiệp có thể tự thực hiện nếu bộ phận kế toán nắm rõ quy định và kiểm soát được toàn bộ chứng từ. Doanh nghiệp nên sử dụng dịch vụ khi dữ liệu có chênh lệch, số lượng hóa đơn lớn hoặc hồ sơ cần giải trình nhiều giao dịch.
Lưu ý: Nội dung được cập nhật đến ngày 15/09/2026 và mang tính chất phổ biến thông tin. Điều kiện hoàn thuế phải được đánh giá theo từng doanh nghiệp, từng kỳ thuế và từng bộ hồ sơ cụ thể.
- Hướng dẫn thực hiện giảm thuế GTGT còn 8% theo Nghị định 44/2023/NĐ-CP
- Công văn 5947/CT-KTr chấn chỉnh việc xử lý hồ sơ mã số thuế
- Kế toán hàng tồn kho làm nhiệm vụ gì? Các kỹ năng cần có
- Triển khai hệ thống phân tích cơ sở dữ liệu và quản lý hóa đơn điện tử
- Mô Hình Hộ Kinh Doanh Là Gì? Những Điều Phải Biết Về Hộ Kinh Doanh
